Jozef Hamernik wurde 1984 in Bratislava geboren. Im Alter von zehn Jahren begann er mit dem Flötenspiel bei Mag. Valeria Banovska und bereits nach wenigen Jahren folgte ein Studium am Konservatorium Bratislava, später gleichzeitig am Konservatorium in Budapest. Seit seinem 16. Lebensjahr studierte Jozef Hamernik bei Michael Martin Kofler an der Universität Mozarteum in Salzburg. Parallel zu seinem Studium spielte er als Akademist bei den Münchner Philharmonikern, seit 2007 in der Orchester-Akademie der Berliner Philharmoniker. Seit 2008 ist Jozef Hamernik Soloflötist des Sinfonieorchesters des Westdeutschen Rundfunks (WDR).
Jozef Hamernik wurde Ende 2007 Sieger des Solistenwettbewerbes Intermusica und bekam von Graf Alexander Tacoli die goldene Dohle überreicht. 2006 wurde er erster Preisträger des internationalen Theobald Böhm Flöten-Wettbewerbes und spielte beim Festkonzert zu dessen 125. Todestag im Prinzregententheater in München als Solist, mit Begleitung des Bayerischen Staatsorchesters. Im Jahr 2002 gewann er den Solistenpreis der Festspiele Mecklenburg Vorpommern. In seiner Heimat erspielte sich Jozef Hamernik erste Preise beim Jan Cikker- Wettbewerb, dem Interforum der Talente und wurde Gewinner beim Wettbewerb der slowakischen Konservatorien. Er erhielt Würdigungen vom Oberbürgermeister der Hauptstadt Bratislava und vom Schulminister der Slowakischen Republik. Es folgten Preise beim EMCY-Wettbewerb in Weimar, der Jeunesses International Music Competition, eine Auszeichnung der Yehudi Menuhin Stiftung und das internationale Probespiel des European Union Youth Orchestra, welches Jozef Hamernik gewann. Neben vielen weiteren Preisen zählt auch das Stipendium des Herbert von Karajan Centrums (Wien) zu seinen Erfolgen.
Als Solist konzertierte Jozef Hamernik mit zahlreichen Orchestern wie dem WDR Sinfonieorchester Köln, dem Bayerischen Staatsorchester, der Radiophilharmonie Hannover, der Slowakischen Philharmonie, der Norddeutschen Philharmonie, dem Münchner Kammerorchester, dem Bohdan Warchal Kammerorchester, der Capella Istropolitana, dem Polnischen Kammerorchester und dem Orchester TIJI/UNESCO. Weiters trat er mit den Pressburger Philharmonikern, mit dem Staatskammerorchester Zilina, der Russischen Kammerphilharmonie, dem Prager Kammerorchester, der Hamburger Camerata, dem Kammerorchester Potsdam und mit den Solistes Europeens Luxembourg auf.
Aufnahmen von Jozef Hamernik wurden von slowakischen und deutschen Rundfunk- und Fernsehanstalten gesendet.